Во-первых, будь эта процедура даже однозначно вредной, религиозные точно также бы ее делали, несмотря на все. Во-вторых, раньше обрезали меньше - действительно только крайнюю плоть, пока не решили, что надо обрезать под самую головку, чтоб сильнее отличаться от гоев. Думаю, пеервоначальная процедура была полезнее.
Ну, и согласно дедушке Дарвину, если бы у обрезанного члена были бы неоспоримые преимущества, мы бы начали рождаться уже без крайней плоти. Мутация подобная есть, даже специально оговаривается в какой-то из книг - младенца не обрезают, если он родился обрезанным. Тем не менее, число таких случаев не растет.